Berikut adalah makna dibalik logo UIN Mataram
Sketsa lumbung/kubah masjid
lokalitas tradisi dan budaya ,pusat studi kearifan lokal, identitas kultural pulau seribu masjid, 5 Rukun Islam dan 5 sila Pancasila ,spirit keislaman dan keindonesian Universitas
Tulisan UIN seperti lafaz Allah
sebagai identitas keislaman dan visi tauhid dari Universitas
Sketsa Rumah
Sebagai “rumah bersama” mengayomi, kenyamanan, dan pencerah tanpa membedakan ras, suku dan budaya
Buku yang terbuka
simbol  dari visi Universitas sebagai basis pengembangan keilmuan dan kegiatan akademik.

Horison Keilmuan

integrator antara aspek fisik (bangunan), tradisi akademik, unsur lokalitas, spirit keislaman dan juga kebangsaan Universitas yang cendekia, terbuka, unggul dapat tercapai dengan mengintegrasikan semua komponen dan juga potensi secara menyeluruh dan sistemik.